进行物资运输，首先要通过码头来实现。运货的基础操作是，点击屏幕左下角的应天府印，选择大地图，就能看到帆船图标，点击图标即可开始运载货物。开启码头运货功能通常需要先解锁新的城市区域，比如苏州府。苏州府赚钱较多但建造昂贵且基础资源匮乏，而应天府建造方便且资源丰富，两者互补能极大提升运货的效益。运输的主要目的就是将应天府充裕的资源，例如蔬菜、木板、饭等，运往急需这些物资的苏州府进行支援。
进行运输时要掌握几个核心技巧以提升效率。首要原则是人货分离，即运货就只运货，不要把居民也加在运输队伍里，因为增加人员会额外增加半小时的运输时间。如果货物运抵目的地后仓库容量不足导致爆仓，货物卸不下来，船就会滞留在码头无法返回，进而影响后续运输。另一项关键技巧是少量多运，不要一次性运送上千的物资，那样运输时间会非常长，可能导致你在等待期间资源短缺。通常建议单次运货量控制在6-8小时送达为宜，可以根据你的作息安排，例如估算睡觉前送达，醒来时收货，以保持运输循环。
高效的运输依赖于精准的预判和规划。你需要提前判断目的地接下来需要什么资源。如果苏州府计划修建娱乐建筑或大型工程如东园，就应该提前将足够建造三座娱乐建筑的资源运送过去，以便第一时间开工。必须时刻注意防止爆仓问题。苏州府初始的仓库容量较小，第一次发货数量建议不要超过250件。如果仓库满了，货物和人员都无法卸下。可以通过在苏州府先利用初始居民发展，尽快建造更多仓库来扩容，或者将一些苏州府多余但应天府需要的资源，如刺绣、丝绸等反向运输，来缓解苏州府的库存压力。
除了基础的府城间货船运输，游戏内还存在漕运系统。修复漕运码头后，可以乘漕船前往大运河，开启全新的漕运玩法。你可以沿着运河解决沿岸停靠点的事件，从而获得粟米、压舱石、玉石、油墨等丰厚报酬，并解锁更多的航路前往北方触发奇遇。漕运是另一种获取资源和扩展体验的运输途径。
