贸易路线被掠夺是玩家常遇到的问题，直接影响经济与科技发展。当贸易路线遭遇掠夺时，首要任务是立即评估损失范围，确认被掠夺的商路数量及类型。陆地贸易路线被破坏后，道路功能将暂时失效，需重建连接；海上贸易路线若被掠夺，商人单位可能被俘获或摧毁。应优先保护剩余商路，将商人调离高危区域，或暂停高风险路线的贸易活动。
修复被掠夺的贸易路线需分情况处理。若商人单位幸存，可将其召回城市重新部署；若商人被摧毁，需通过城市生产力或金币重新生产。陆地商路修复依赖建造者单位，派遣至被掠夺地块选择修复功能即可。海上商路则需重建贸易站，部分文明如波斯或拥有特殊海军统帅时，可通过特性加速修复进程。掠夺方通常获得金币奖励，而防守方需承担生产力与时间成本。
军事单位巡逻关键商路节点能有效威慑敌方单位，尤其是骑兵与海军对陆地、海上商路的保护效果显著。城邦宗主国奖励如里斯本的商人免疫水路掠夺特性，或政策卡三角贸易提供的信仰加成，均可提升商路安全性。与邻国签订开放边界协议或同盟条约，能降低商路被敌对文明攻击的概率。
避免将所有商路集中通过单一地理要道，分散路线可降低系统性风险。优先选择盟友城市或受军事保护的城邦作为贸易伙伴，同时利用间谍破坏敌方单位的掠夺能力。若频繁遭遇掠夺，可暂时转向国内贸易路线，虽收益较低但稳定性更高。部分文明如蒙古的驿站特性或葡萄牙的印度之家能力，能通过外交能见度或特殊加成间接保护商路。工业时代后，铁路替代普通道路可提升陆地商路效率；解锁电子商务政策能增强远程贸易抗风险能力。宗教单位如使徒的审判官晋升可清除敌方宗教单位对商路的干扰，而海军统帅郑一嫂的技能可直接提升海上商路掠夺防御力。
