奥义系统分为三大类型：奥义系、觉醒系和援护系，玩家在选人界面即可选择对应的战斗类型。奥义系的释放需要消耗约40%查克拉，通过组合键Y+B触发普通奥义，连续按两次Y再按B可释放终极奥义，而连携奥义需连按三次Y后接B。觉醒系则通过长按Y键进入觉醒状态，部分角色觉醒后拥有特殊空中技能，觉醒结束后会进入虚弱状态。援护系通过右摇杆切换攻防模式，攻击类援护可辅助连击或打断对手，防御类则能格挡冲刺和奥义。
合体奥义是游戏的核心特色之一，需满足特定角色组合条件。例如年轻第七班（鸣人、佐助、小樱）可触发团队合作奥义，而九喇嘛鸣人与秽土转生四代目能发动尾兽连弹。进入鉴赏模式可查看全部21组合体奥义列表，包括飞段与角都的究极艺术、宇智波兄弟的天照二重等。释放合体奥义时需确保队伍中包含对应角色，并在战斗中积攒足够查克拉后按特定指令触发。
普通忍术仅需单次蓄力（Y+B），终极忍术需双重蓄力（Y+Y+B），而觉醒状态则需长按Y键直至查克拉槽蓄满。替身术（LT/RT）和破防技（LT/RT+B）能创造奥义释放时机，尤其在对抗高防御对手时。三红（连携奥义）的冲刺方式为援护角色先攻，本体后续跟进。
资格赛等混战模式中，远程角色如勘九郎可通过标记切换优先攻击低防御目标；面对宁次等拥有绝对防御的敌人，建议使用破防药或防守反击制造眩晕。锦标赛模式下，机械鸣人等特殊角色需完成支线任务解锁，其奥义效果往往具有范围优势。最终阶段对抗人柱力时，优先使用觉醒系角色可快速压制对手。对于合体奥义，需提前在队伍配置界面确认可用组合，部分组合如秽土转生三影需特定剧情进度解锁。
