解锁海祗岛秘境需要完成一系列解谜步骤，首先确保已完成前置任务净海之事且角色等级达到45级。推荐队伍中携带雷属性角色如皇女或九条裟罗，这类角色在后续解谜环节中能发挥关键作用。秘境入口位于海祗岛特定区域，周围环境存在水位变化机制和多处联动机关，解谜过程需注意观察场景中的雷元素方碑和指针装置。
抵达秘境附近后，第一步需要参拜基柱获取雷种子。利用雷种子或雷元素角色激活四个雷霆探针，将其调整至正确方向以解封雷元素方碑。具体操作是当指针与底盘指示方向一致时会出现紫色光圈，保持不动直至雷元素或雷种子效果消失使指针定格。完成四个雷方碑的激活后，水位会首次下降约一半，可跳入水中通道继续探索。
水位下降后沿着出现的通道游至尽头，注意水下存在窒息机制需及时使用生命回复道具。游到特定位置后从右侧墙体向上攀爬，在墙面上会发现三个需要按顺序启动的机关，通常遵循左→中→右的激活顺序。成功启动后铁门将开启，可进入内部区域继续攀登，途中会经过一个放置继电石的关键位置。
最终阶段需要找到隐藏机关使水位完全退去。返回最初的大厅对恒光元件进行两次旋转操作，使光束与噬光元件导通以开启升降梯通道。乘坐升降梯到达下层后，房间内的元能火种是关键，释放并跟随火种抵达上层元能火炬处。当所有机关正确触发后，秘境大门将完全开启，同时可获得包含深海之核等稀有材料的奖励。整个过程需注意环境中的元素反应机制和机关联动逻辑，合理利用场景中的雷种子和元素视野能显著提高解谜效率。
