军团占领星系是获取资源、增强实力的核心途径，其本质是发起并赢得一场名为主权战争的攻防战斗。占领星系后，军团可以对其进行开发，建设各种设施以获取持续收益，并以此为基础参与更广阔的宇宙竞争。整个流程从宣战开始，到最终宣告主权结束，是一场需要周密策划和集体执行的军事行动。
占领星系的具体流程遵循一套严谨的战争阶段规则。需要由军团长在星图界面中，向一个战争状态显示为可争夺的星系进行宣战并支付费用，宣战成功后即进入备战阶段。随后战争分为上半场的交战阶段和下半场的决战阶段，中间由休战阶段间隔。交战与决战的核心目标是相同的：进攻方需要攻击并破坏星系内的三座主权维护设施（护盾稳定塔）中的至少两座；而防守方则需要摧毁进攻方锚定在战场中的三座主权干扰设施中的至少两座。如果进攻方最终在决战阶段达成目标，战争将进入宣告阶段，此时进攻方可以与星系控制中枢交互，从而正式夺取该星系的主权。整个战争过程考虑到全球玩家的时差，上下半场的具体时间分别由进攻方和防守方设定。
成功发起一场主权战争，关键在于战前的目标选择与资源准备。选择目标时，应优先在星图中寻找明确标注为可争夺的星系，并评估其富饶度，富饶度越高通常意味着守军实力越强、奖励越丰厚，但攻占难度也越大。在宣战后，全体参与成员应尽快将基地迁移至前线星系附近，以缩短集结和补给时间。战斗中，拆解主权维护设施是一个持久的过程，需要准备足够的战列舰等火力输出舰船，同时必须确保后勤舰携带充足的能源电池，以维持持续作战能力。防守方的原住民舰队或玩家守军会进行反击，其强度与星系等级相关，因此需要组建有足够生存和输出能力的舰队阵容。
占领星系仅仅是开始，后续的主权宣告与星系开发管理同样至关重要。在宣告阶段成功夺取控制权后，军团需要立即在星系内部署最基础的军团枢纽设施，这是部署其他所有功能建筑的前提，相当于军团的行政中心。可以根据需要逐步建造精炼厂以提升资源产量、建造警戒塔以增强防御、建造贸易港等设施。星系的开发等级决定了可部署建筑的等级上限，通过在该星系内完成军团活动可以提升开发等级，而开发等级越高，星系主权设施的防御力也越强，越难以被攻陷。需星系主权每易手一次，其开发等级就会下降一级，这为防守带来了额外的挑战。
