解锁指挥官功能，你需要按顺序完成一系列主线剧情任务，其核心前置包括第二场梦、梦中梦、内战以及灵魂纷争任务。整个过程是游戏叙事的关键部分，将带你逐步揭开Tenno力量的真相，从最初在第二场梦中唤醒指挥官并获得基础控制权开始，相关的功能之后可以在轨道飞行器的传识之间查看或通过玩家选项中的指挥官选项进行设定。紧梦中梦任务会进一步推进剧情，要开启这个任务，你需要在天王星地图探索时留意出现的幽灵飞机，使用密典扫描仪扫描它来触发冰封谜团任务，完成后者后梦中梦便会自动解锁。这个阶段你将初步学习在特定时刻切换指挥官进行互动。
完成梦中梦后，下一个关键前置是内战任务，它标志着指挥官能力的半解放。开启内战有两个明确条件，首先是搞定梦中梦主线任务，其次是打通前往赛德娜的枢纽，这个枢纽任务需要你在月球和地球完成特定的挑战，比如击败敌人或破解机关，成功解锁塞德娜节点后，内战任务的邀请函就会发送到你的游戏邮箱中。在内战任务期间，你会经历抓捕泰辛魅影、飞往小行星带并覆写飞船安全系统等战斗环节，建议使用适合防御的战甲并可以考虑组队进行。
要解锁完整的指挥官切换功能，即在战斗中随时按默认按键（通常是召唤指挥官，你还需要完成灵魂纷争任务。在这之前，也就是做完第二场梦但未完成内战的时期，指挥官处于基础状态，每次进入任务都需要等待能量条旁的圆圈充能完毕，按住按键才能短暂使用指挥官技能。而当你完成了内战和灵魂纷争这一系列前置任务后，指挥官才算完全解锁，可以随时切换并开始深入体验包括专精系统在内的各种进阶能力。
指挥官系统的解锁也是进行许多其他游戏内容的关键门槛。想要接触夜羽阵营，除了完成玻璃甲任务，指挥官系统的解锁（即完成第二场梦和内战）也是开启其隐藏入口大门的必要条件，你必须在夜羽入口前切换为指挥官形态，大门才会打开。后续如执行官相关的前置任务，也要求你先完成惊惧之心、内战和澎湃狂潮等主线剧情，这些任务都会在资料库中给出提示。
