军师系统是少年三国志中影响战局的核心机制之一，每位军师拥有3个普通技能和1个大招，均需消耗计力释放，计力会随时间缓慢恢复。普通技能侧重战术干扰或增益，例如水镜的灼烧DEBUFF或郭嘉的冻结控制，而大招往往具备扭转战局的效果，如周瑜的群体火系爆发。军师类型分为火、雷、水、风四系，每系拥有特异属性加成，如火系提升初始计力，风系加速计力回复，需根据阵容需求选择适配属性。
军师的法器系统通过碎片升星解锁被动技能，碎片主要来自巅峰论战玩法。升星后激活的奇门系统能为对应职阶武将提供全局BUFF，例如雷系军师张宝升星后可强化召唤物等级。太学系统在32级开放，需消耗火、雷、风、水四系秘术图卷激活技能树，秘术图卷需通过奇珍异兽玩法获取。需注意太学技能无需优先级划分，后期需全系点满以最大化军师战力。
军师技能存在连携机制，触发条件需依赖特定DEBUFF。例如火系+风系军师需先施加灼烧状态才能触发双倍伤害，而雷系+火系组合需静电DEBUFF配合。部分武将因技能特性无法触发连携，需谨慎搭配。战斗中需合理分配计力，优先释放关键控制或爆发技能，例如李儒的水系迟缓可降低敌方80%移速，为后续输出创造机会。
徐庶的无痕剑意兼具伤害转移、护盾生成和净化效果，适合在敌方集火时使用；马良的墨浸寒殇能降低敌方攻击力并附加水浸状态，适合开局压制。部分必杀技附带特殊机制，如徐庶3星后解锁的镜花水月可免疫首次控制，需根据敌方阵容调整释放策略。
