火箭队基地是游戏中的重要剧情地点，位于彩虹市的游戏中心内部。进入基地需要先在游戏中心左侧调查海报，与火箭队成员战斗后触发隐藏通道。进入彩虹市游戏中心后，向左上方移动，与站在海报前的火箭队成员对话并击败他，随后调查海报右侧即可发现通往地下基地的楼梯。基地内部结构复杂，分为多层，需要通过传送带和电梯钥匙才能深入。
基地迷宫的核心目标是获取电梯钥匙并击败火箭队首领。进入地下层后，首先沿蓝色路线直下至B3F，通过传送带到达B4F，在编号5位置的火箭队成员处取得电梯钥匙。随后返回B2F，利用钥匙启动电梯直达B4F最深处。过程中需注意传送带的移动方向，部分区域需要反复调整路线才能抵达目标位置。最终在B4F尽头击败火箭队干部，可获得关键道具精灵眼镜，用于后续剧情推进。
关于五岛火箭队仓库的进入方法，需先完成一之岛的红宝石任务。在灯火山击败火箭队成员后取得红宝石，随后前往六号岛的点之穴，按照中、上、左、右、下的顺序移动触发剧情。返回五岛后即可进入仓库，内部需要通过特定密码解除机关，密码信息需从科学家处获取。仓库结构与彩虹市基地类似，但增加了更多需要推石解谜的环节。
彩虹市基地需优先解决电梯钥匙问题，而五岛仓库则依赖点之穴的触发顺序。建议在挑战前确保队伍中有掌握居合斩、怪力等秘传技能的宝可梦，部分区域需要这些技能开路。战斗方面，火箭队成员多使用超音蝠、臭臭泥等毒系和飞行系宝可梦，准备相应克制属性可提升效率。完成这两个基地的剧情后，游戏主线将推进至金黄市阶段。
