游戏中的忍者分为多个等级和属性，每位忍者拥有独特的奥义、普攻、追打和被动技能，这些技能的组合决定了战斗中的表现。理解忍者的技能联动是提升战力的基础，例如部分忍者的被动可以增强小队属性或提供特殊效果，合理搭配能形成强力战术体系。战斗中的查克拉管理、奥义释放时机以及追打连招的触发都需要精确把控，这是区别于无脑操作的关键所在。
游戏中的任务系统包含主线剧情、日常活动和限时挑战等多种类型，每种任务对阵容配置有不同要求。秘密敕令玩法需要根据关卡特性调整忍者阵容和敕令选择，难度越高奖励越丰厚，但需平衡战力与通关效率。暗部组织玩法则考验玩家对多人协作和单人作战的适应能力，选择适合自身战力的任务类型尤为重要。幻境探险作为赛季制玩法，采用层层递进的设计，需要不断优化阵容以应对更高层数的敌人，同时赛季奖励也值得投入时间获取。
忍者培养是长期发展的核心环节，包括等级提升、技能升级、装备强化和饰品搭配等多个维度。饰品套装如海兽、灵狐、玄龟等能显著提升忍者属性，需根据忍者定位选择。通灵兽系统为战斗提供额外支援效果，培养优先级应根据当前阵容短板决定。资源分配需有明确规划，铜币、忍具锻造石等基础材料应优先保障主力忍者，避免分散投入导致战力提升缓慢。
阵容构建需要综合考虑属性克制、技能互补和战斗节奏。风属性忍者如手鞠少年篇擅长群体输出，配合疾风舞者主角能发挥极致伤害；土属性忍者如大野木则偏向防御和辅助，适合持久战。秽土转生系列忍者普遍具备复活或特殊状态机制，在特定场合能扭转战局。新手初期可优先培养鸣人、佐助等基础忍者过渡，后期逐步转向SS级忍者为核心的高阶阵容。
